Okres po 1848 charakteryzuje się raczej powolnym zwrotem w kierunku działalności gospodarczo-oświatowej. Po początkowym okresie reakcji i germanizacji (trwającym mniej więcej do przebudowy monarchii habsburskiej i utworzenia Austro-Węgier w 1867) nastąpiła stopniowa polonizacja szkolnictwa i życia kulturalnego w W. Ks. Krakowskim. Wielkie Księstwo Krakowskie, a Kraków w szczególności, stało się kuźnią kadr intelektualnych dla Galicji, a później dla odrodzonej Rzeczypospolitej. W 1870 przywrócono wykłady w języku polskim na zgermanizowanym uprzednio Uniwersytecie Jagiellońskim, który po zapaści spowodowanej włączeniem Wolnego Miasta Krakowa do Austrii, przeżywał w II poł. XIX w. swój gwałtowny rozwój. W latach 1883–1887, aby sprostać rosnącym potrzebom uczelni, wzniesiono Collegium Novum, które mieściło również władze uczelni. Wielkie Księstwo Krakowskie przestało istnieć wraz z Galicją po rozpadzie Austro-Węgier w 1918.