Po roku 1943 większość maszyn pełniła służbę jako samoloty transportowe.

Użycie bojowe thumb|left|Fw 200 C-3/U2 z KG 40 locie FW 200C Condor jako bombowce weszły na wyposażenie jednostki I./KG40, która weszła do akcji w kwietniu 1940. Ich debiutem w tej roli było uszkodzenie lotniskowca HMS „Furious” 18 kwietnia 1940, a pierwszym dużym sukcesem zatopienie transportowca „Vandyck” (13 241 BRT) koło Harstadu 9 czerwca 1940. 26 października 1940 Condor z II./KG40 zbombardował duży liniowiec „Empress of Britain” (42 348 BRT), co doprowadziło do jego zatopienia. Najwięcej sukcesów w działaniach przeciw konwojom alianckim odniosły na początku 1941 roku, zatapiając w styczniu 17, a w lutym 21 statków, nie licząc uszkodzonych. W ciągu tego roku Brytyjczycy wprowadzili jednak środki przeciwdziałania w postaci myśliwców wystrzeliwanych z katapult typów CAM i FCS oraz z lotniskowców eskortowych (pierwszy: HMS „Audacity”). Podstawowym zadaniem Condorów stało się wówczas naprowadzanie okrętów podwodnych na wykryte konwoje, ewentualnie atakowanie samotnych statków.