Poza głównym wątkiem fabularnym gracz może zaangażować się w wątek rozbudowania w Kruczej Skale kolonii górniczej. W tym celu zakłada kopalnię, decyduje o tym, jakie sklepy otworzyć oraz rozwiązuje inne sprawy kolonii, takie jak zaginione dostawy, kradzieże czy zagrożenia ze strony miejscowej fauny.
Proces produkcji Prace nad Przepowiednią rozpoczęto w listopadzie 2002, niedługo po wydaniu Trójcy, a zakończyły się w maju 2003. Reżyser serii Todd Howard przedstawił koncept dodatku, którego głównymi cechami były „wilkołaki, Nordowie i śnieg”, na czym oparto resztę. Przepowiednię zaprojektowano jako dodatek nastawiony na akcję, zapewniający graczom nowe podziemia, przeciwników i łupy. Dzięki temu odróżniać miał się od Trójcy, będącej dramatem politycznym, w którym – jak przyznała reżyser Ashley Cheng – brakowało otwartego świata, który gracz mógłby eksplorować. Akcję postanowiono osadzić na odosobnionej wyspie z dala od Morrowindu, żeby zminimalizować ryzyko, że dodatek nie będzie współgrał z modyfikacjami stworzonymi przez graczy do podstawowej wersji gry. Nadrzędnym celem Przepowiedni było dodanie wilkołaków, których graczom szczególnie brakowało w Morrowindzie, po tym jak prezentowano je w materiałach przedpremierowych.