Z mniejszością rosyjską w mieście związane są natomiast cerkwie prawosławne.
Na wzgórzu Toompea, oprócz XIII- i XIV-wiecznych fortyfikacji znajduje się gotycka katedra Najświętszej Maryi Panny, w której wnętrzu znaleźć można nagrobki i epitafia (m.in. renesansowy z 1585 nagrobek Pontusa de la Gardie, szwedzkiego gubernatora Estonii). Pod wzgórzem na Starym Mieście znajdują się gotyckie kościoły: trzynastowieczny kościół św. Mikołaja () z potężną wieżą i dobudowanymi później kaplicami, trzynasto-czternastowieczny (później kilkakrotnie przebudowywany) św. Michała, zamieniony na prawosławną cerkiew w 1716 z barokowym ikonostasem z 1720, XIV-wieczny Świętego Ducha () z późnogotyckim (1483) drewnianym ołtarzem dłuta Bernta Notkego i wysmukłą wieżą, XIV-XV-wieczne zabudowania klasztoru dominikanów św. Katarzyny ze zrujnowanym od 1531 kościołem. Pod koniec XV w. zbudowano kościół św. Olafa () (z kaplicą NMP z początku XVI w.), którego gotycka wieża, wysoka na 159 m, była wówczas prawdopodobnie jedną z najwyższych budowli w Europie i na świecie. Po pożarach przebudowywana, mierzy obecnie 123 m. Nadto ruiny XV-wiecznego kościoła klasztoru brygidek w Pirita zburzonego w 1577 r., kościół św. św. Piotra i Pawła, obecnie katedra katolicka, oraz cerkiew św.