Wydział Wojny Rządu Narodowego odsunął go od obowiązków czynnych w wojsku z powodu niedołężności spowodowanej jego podeszłym wiekiem.
Schyłek życia Waligórski powrócił do Francji, gdzie pracował jako księgowy i kreślarz rysunków i map. W czasie wojny francusko-pruskiej (1870-1871) brał udział w obronie Paryża jako prosty żołnierz, ale odmówił udziału w Komunie Paryskiej. Mimo tej odmowy został skazany na karę pobytu na pontonach w Cherbourgu, gdzie spędził pół roku. Schorowany powrócił do Paryża i wkrótce został pensjonariuszem polskiego przytułku św. Kazimierza w Paryżu, w którym zmarł 19 lipca 1873 r.
Został pochowany na paryskim cmentarzu d'Ivry w nieopłaconym miejscu, we wspólnej mogile przeznaczonej dla ubogich. mały|Symboliczny grób generała Waligórskiego w Drugni
Zmarli powstańcy 1863 roku zostali odznaczeni przez prezydenta RP Ignacego Mościckiego 21 stycznia 1933 roku Krzyżem Niepodległości z MieczamiZarządzenie o nadaniu Krzyża Niepodległości z mieczami poległym i zmarłym Powstańcom 1863 r. ()..
W dniu 2 maja 2016 r. wysiłkiem lokalnej społeczności odsłonięto na cmentarzu parafialnym w Drugni symboliczny grób generała Aleksandra Waligórskiego.
.