Do marca 1943 zbudowano 195 Jaków-9 podstawowej wersji, a dalsze 264 od stycznia do sierpnia 1943 w zakładzie nr 166 – łącznie 459.
Główną cechą Jaka-9 była możliwość jego modyfikacji w szeroką gamę typów samolotów pod względem przeznaczenia i zastosowania bojowego, w tym myśliwiec liniowy z uzbrojeniem konwencjonalnym i ciężkim, myśliwiec eskortowy dalekiego zasięgu, myśliwiec bombardujący, myśliwiec rozpoznawczy, myśliwiec przechwytujący dużych wysokości, dwumiejscowy myśliwiec szkolno-transportowy.
Jak-9 doczekał się 22 głównych modyfikacji, z których 15 produkowano seryjnie. Został wyposażony w pięć różnych nowych i zmodyfikowanych typów silników, sześć wariantów liczby i pojemności zbiorników paliwa, siedem wariantów uzbrojenia i dwa warianty wyposażenia specjalnego. Ponadto Jak-9 miał dwa zasadniczo różne typy skrzydeł: mieszane i całkowicie metalowe.