Ks. Gołębiowski za przynależność do mariawityzmu był szykanowany. Najpierw usunięto go z zajmowanego stanowiska profesora w seminarium, a następnie dyscyplinarnie przeniesiono na odległą parafię. W 1906 r., w czasie rozłamu pomiędzy Kościołem rzymskokatolickim a mariawitami ks. Gołębiowski bez wahania pozostał przy mariawityzmie. 3 lutego 1907 r. bp Apolinary Wnukowski nałożył na ks. Gołębiowskiego ekskomunikę za niepodporządkowanie się dekretowi Kongregacji Świętego Oficjum z 5 grudnia 1906 r. W tym czasie został proboszczem parafii w Łodzi, przy ulicy Franciszkańskiej 27.
Od stycznia 1907 r. ks. Maria Andrzej Gołębiowski kierował redakcją tygodnika „Mariawita” oraz „Wiadomości Mariawickich”, które wydawano we własnej drukarni w Łodzi aż do wybuchu I wojny światowej. 4 września 1910 r. otrzymał w Łowiczu sakrę biskupią z rąk bpa Jana Marii Michała Kowalskiego, współkonsekratorami byli biskupi starokatoliccy z Holandii – abp Gerard Gul z Utrechtu i bp Jakub van Thiel z Haarlemu. Bp Maria Andrzej bardzo boleśnie przeżył powrót swego pomocnika ks.