Zmiany polegają na nacieczeniu błony śluzowej jelita cienkiego przez charakterystyczne PAS-dodatnie makrofagi. Siedliskiem zmian jest prawie zawsze przewód pokarmowy. Zajęta przez chorobę krezka ulega pogrubieniu, a jej węzły chłonne są powiększone.
Objawy i przebieg lewo|mały|348x348px|Przykład postaci zlokalizowanej WD – zajęcie kręgosłupa (kręgów L1, L2, L4 i L5) widoczne na MRI u 64-letniego mężczyzny skarżącego się od 5 lat na ból pleców i epizody zapalenia stawów.
Chorobę Whipple’a można podzielić na kilka typów w zależności od zajętych przez chorobę układów oraz objawów:
postać klasyczna – rzadko występujące zakażenie przewlekłe, spektrum objawów, jakie mogą wystąpić jest bardzo szerokie postać przemijająca (ostra) – częstsza i przebiegająca ostro. Występuje najczęściej u dzieci, objawy to biegunka, gorączka i kaszel. Jest postacią łagodną, a po przechorowaniu następuje szybkie wyleczenie postać zlokalizowana – obejmuje procesem chorobowym inne układy niż pokarmowy, najczęściej zajmuje wsierdzie oraz ośrodkowy układ nerwowy.