W 1627 swoje faktorie otworzyły w Pegu Angielska Kompania Wschodnioindyjska oraz Holenderska Kompania Wschodnioindyjska, jednak w 1677 r. wycofały się one z powodu niestabilności politycznej i niskiej dochodowości. Dzięki królowi Anaukpetlunowi, który zdecydował o jego odbudowie, w 1613 r. Pegu stało się ponownie stolicą Birmy. Jednak niedługo potem, w 1635 r., król Thalun ponownie przeniósł stolicę do Ava, ze względu na jej znacznie dogodniejsze położenie militarne.
W ciągu następnego stulecia następowała stopniowa odbudowa mońskiej populacji Dolnej Birmy. W 1740 r. Monowie podnieśli bunt i usunęli Birmańczyków z tego regionu. Powstało Odrodzone Królestwo Hanthawaddy, którego stolicą stało się Pegu. Nowe państwo nie okazało się jednak trwałe – zostało podbite przez króla Alaungpayę z nowej birmańskiej dynastii Konbaung. Pegu zostało zdobyte 2 maja 1757 r. Miasto zostało splądrowane, ponownie zburzone, część jego mieszkańców zamordowano, a pozostałych sprzedano jako niewolników. Lata wojen i kolejne klęski wyludniły miasto – w 1795 r. liczyło mniej niż 6000 mieszkańców. Syn Alaungpayi, Bodawpaya, zamierzał odbudować Pegu, jednak zamiar ten nie powiódł się.