Aby rozpoznać zespół Lyncha muszą być spełnione wszystkie trzy kryteria. Należy wykluczyć wcześniej zespół polipowatości rodzinnej, a zachorowania na raka jelita grubego i inne nowotwory wchodzące w skład zespołu Lyncha muszą być potwierdzone badaniem histopatologicznym.
Badanie niestabilności mikrosatelitarnej Ze względu na zawodność kryteriów amsterdamskich stosuje się przesiewowe badanie pod kątem występowania niestabilności mikrosatelitarnego DNA w tkance guza według wytycznych Bethesda. Alternatywnie, badanie ekspresji MLH1, MSH2 i MSH6 metodami immunohistochemicznymi.
Wytyczne Bethesda Rodziny spełniające kryteria amsterdamskie I; Chorzy, u których rozpoznano 2 zachorowania ze spektrum zespołu Lyncha, z uwzględnieniem synchronicznych i metachronicznych zachorowań na raka jelita grubego i na inne nowotwory o lokalizacji pozajelitowej; Chorzy na raka jelita grubego z jednym krewnym pierwszego stopnia, który zachorował na ten sam nowotwór lub inny ze spektrum HNPCC przed 45. rokiem życia lub u którego rozpoznano gruczolaka w jelicie grubym przed 45. rokiem życia; Chorzy, u których raka jelita grubego lub raka trzonu macicy rozpoznano przed 45. rokiem życia; Chorzy z rakiem części wstępującej jelita grubego lub odbytnicy rozpoznanym przed 45.