Łączył tradycje włoskie i francuskie, napisał pierwszą francuską sonatę "Sonate à huit", rozwinął narzędzia dramaturgiczne w dramacie lirycznym "Médée", jednak problemy z cenzurą i odejście z Wersalu zamknęło mu drogę do pisania utworów scenicznych.
Spośród wielu dzieł Charpentiera najbardziej znane jest preludium do utworu Te Deum, które stało się oficjalnym sygnałem Europejskiej Unii Nadawców. Fragment emitowany jest na początku każdego Konkursu Piosenki Eurowizji, a także przy okazji koncertu noworocznego filharmoników wiedeńskich.
Dzieła Charpentiera zostały skatalogowane przez Hugh Wileya Hitchcocka (katalog wydany w Paryżu w 1982 r.).
Opery Les Amours d'Acis et Galatée, zaginęła; 1678? Les Arts florissants, H. 487; 1685-6 La Descente d'Orphée aux Enfers, H. 488; 1686-7 Le Jugement de Pan, zaginęła; ? Philomele, zaginęła; ? Médée, H. 491; 1693
Tragedie biblijne Celse Martyr, muzyka zaginęła; libretto opublikowane w 1687 David et Jonathas, H. 490, 1688 (libretto autorstwa P. Bretonneau)
Pastorałki Petite Pastorale Eglogue de Bergers, H. 479; 1670? Actéon, H. 481; 1684 Il faut rire et chanter: Dispute de Bergers, H. 484; 1685 La Fête de Ruel, H. 485; 1685 La Couronne de Fleurs, H. 486; 1685 Le Retour du Printemps, zaginęła;