Przejęcie władzy thumb|Spadek liczby ludności w Gwinei Równikowej w czasach dyktatury Francisco Macíasa Nguemy sięgnął 30% Reżim Francisco Macíasa Nguemy był jednym z najkrwawszych w Afryce. Cechował się licznymi represjami i łamaniem praw człowieka. Z obawy przed zbrodniczymi działaniami, 1/3 populacji kraju uciekła do państw ościennych. Wśród ofiar znalazł się brat Obianga, który został stracony za żądanie wypłaty zaległego uposażenia. 3 sierpnia 1979 Obiang Nguema stanął na czele wojskowego zamachu stanu, który doprowadził do obalenia 11-letniej dyktatury jego wuja. 18 sierpnia został jednogłośnie wybrany przewodniczącym Najwyższej Rady Wojskowej, junty wojskowej, która przejęła rządy w kraju. 18 października 1979 został zaprzysiężony na tym stanowisku.
W momencie zamachu Macias uciekł ze stolicy, został jednak schwytany i postawiony przed Specjalnym Sądem Wojskowym. Został oskarżony o ludobójstwo, wielokrotne morderstwa, defraudację funduszy państwowych oraz inne przestępstwa. Uznany winnym wszystkich zarzucanych mu czynów, 29 września 1979, wyrokiem sądu został rozstrzelany. Rząd Hiszpanii jako pierwszy uznał nowe władze oraz zaoferował pomoc finansową i techniczną.