Rok później skierowano go na szkolenie pilotażu bombowców nurkujących Junkers Ju 87 Stuka. Po szkoleniu trafił do Sturzkampfgeschwader 2 (StG 2), skrzydła bombowców nurkujących przebazowanego na tereny okupowanej Polski w ramach przygotowań do operacji Barbarossa, inwazji na Związek Radziecki.
Zatopienie „Marata” 21 września 1941 Rudel brał udział w ataku na sowiecki pancernik „Marat” z Floty Bałtyckiej zacumowany w porcie leningradzkim. Okręt został trafiony dwiema 1-tonowymi bombami przeciwpancernymi, z których jedna pochodziła z samolotu Rudla. Bomba wybuchła w pobliżu nadbudówki, co wywołało eksplozję przedniego magazynu, który zniszczył nadbudówkę i dziobową część kadłuba okrętu. Zginęło 326 marynarzy, a okręt osiadł na dnie dwa dni po ataku, 23 września 1941. Zatopienie „Marata” zostało przypisane Rudlowi.