II wojna światowa W okresie II wojny światowej Federalne Biuro Śledcze stało się najważniejszą agencją w USA, zajmującą się tropieniem szpiegostwa. W przeciwieństwie do lat I wojny światowej, tym razem FBI udało się przeprowadzić kilka efektownych operacji kontrwywiadowczych. W 1940 FBI liczyło 898 agentów, a w 1945 było ich już 4886. Błyskawiczny wzrost FBI zawdzięcza kilku czynnikom, m.in. ciągłemu rozszerzaniu zakresu kategorii wykroczeń traktowanych przez prawo amerykańskie jako przestępstwa federalne, fali szpiegostwa wojennego (zwłaszcza niemieckiego) oraz zakulisowym zabiegom Hoovera w Kongresie, które przyczyniły się zarówno do umocnienia jego autorytetu osobistego, jak i zaufania kongresmenów do Biura.
W wydanej w 1934 ustawie o łączności Kongres zabraniał stosowania podsłuchu telefonicznego, FBI uciekało się jednak często do takiej praktyki, i to za przyzwoleniem Departamentu Sprawiedliwości, pod który podlegało. Departament Sprawiedliwości orzekł, że ustawa zabrania nie tyle samego podsłuchu, co ujawniania uzyskanych dzięki niemu informacji. W maju 1940 prezydent Roosevelt wydał tajny okólnik zezwalający na podkładanie podsłuchu telefonicznego u osób podejrzanych o działalność wywrotową.