Gdy 1 września 1939 w Europie wybuchła II wojna światowa, Hoover zalecił wszystkim biurom terenowym FBI sporządzenie raportów na temat obywateli o sympatiach proniemieckich, prowłoskich bądź prokomunistycznych. Ich nazwiska miały być wpisane na listę osób przeznaczonych do internowania, by można je było bez trudu odnaleźć, gdy Stany Zjednoczone przystąpią do wojny światowej. Hoover zezwalał również na przeprowadzanie włamań do mieszkań prywatnych i rewizji bez zezwolenia sądowego. W ramach przygotowania społeczeństwa amerykańskiego do udziału kraju w wojnie, prezydent Roosevelt nakazał lokalnym departamentom policji przekazywać FBI wszelkiego rodzaju informacje o szpiegostwie i działalności wywrotowej. Prezydent nakazał również FBI, aby działało jako instytucja koordynująca pracę wszystkich instytucji cywilnych, gromadzących informacje związane z ruchami wywrotowymi.
Specjalna Służba Wywiadowcza (SIS) W 1940 w ramach FBI powstała Specjalna Służba Wywiadowcza (ang.: ), przeznaczona do walki ze szpiegostwem i infiltracją nazistowską w Ameryce Łacińskiej.