baseny i podbaseny Komisji Helsińskiej).
Podziały naturalne Podział Morza Bałtyckiego przy uwzględnieniu czynników morfologicznych: Botnik Morze Alandzkie – między Wyspami Alandzkimi a brzegami Szwecji Morze Archipelagowe – między Wyspami Alandzkimi a brzegami Finlandii Botnik Południowy (Morze Botnickie) – główny basen Zatoki Botnickiej Botnik Północny – północny basen Zatoki Botnickiej Basen Gotlandzki Niecka Północnogotlandzka Niecka Zachodniogotlandzka Niecka Wschodniogotlandzka Zatoka Fińska – odcięta linią umowną od Basenu Gotlandzkiego Zatoka Ryska Zatoka Gdańska – odcięta linią umowną od Basenu Gotlandzkiego Basen Bornholmski Niecka Arkońska (dawna Głębia Arkońska) Niecka Wschodniobornholmska Zatoka Pomorska Morze Bełtów Sund Wielki Bełt wraz z Bełtem Langelandzkim i Bełtem Samsø Mały Bełt Zatoka Kilońska Bełt Fehmarn Zatoka Meklemburska i inne mniejsze cieśniny Kattegat
Morze Bałtyckie bywa dzielone również na regiony hydrograficzne wyznaczone na podstawie zasolenia i uwarstwienia termicznego.