Zarazem Naumann przyjmował jako oczywistą kulturową dominację niemiecką w planowanej federacji i nie sprzeciwiał się germanizacji oraz madziaryzacji ludności słowiańskiej, co podważało deklarowaną dobrowolność projektu.
Cele wojenne Cesarstwa Niemieckiego Elity polityczne Cesarstwa Niemieckiego zaadaptowały ideę Mitteleuropy do własnych celów wojennych, nadając jej charakter znacząco odmienny od liberalnej wizji Naumanna. W planach rządowych Mitteleuropę miały tworzyć marionetkowe państwa (w tym Królestwo Polskie) pod polityczną, gospodarczą i wojskową kontrolą Rzeszy. Region miał stanowić zaplecze gospodarcze Niemiec w rywalizacji z Imperium Brytyjskim o pozycję wiodącego mocarstwa światowego.
Plany te przewidywały aneksję znacznej części terytorium Polski (tzw. polski pas graniczny) i deportację ludności polskiej oraz żydowskiej, zastępowanej kolonistami niemieckimi. Populacja na podporządkowanych terytoriach miała być stopniowo germanizowana. Częściową realizację tych zamierzeń przyniosły traktaty brzeskie z 1918 roku, które usankcjonowały gospodarczą i militarną dominację Niemiec nad Ukrainą.