W 1949 został wykładowcą Szkoły Głównej Planowania i Statystyki, w której od 1950 do 1956 kierował Katedrą Ekonomii. Od 1950 do 1957 był pracownikiem i kierownikiem Katedry Ekonomii Politycznej i Wydziału Ekonomicznego Instytutu Kształcenia Kadr Naukowych przy KC PZPR. We wrześniu 1951 uzyskał stopień doktora pod kierunkiem Edwarda Lipińskiego, a w styczniu 1952 został profesorem nadzwyczajnym SGPiS. Od 1954 był także profesorem Uniwersytetu Warszawskiego. Pracował również w Instytucie Nauk Społecznych przy KC PZPR. W latach 1951–1956 zasiadał w Centralnej Komisji Kwalifikacyjnej dla Pracowników Nauki, wywierając decydujący wpływ na awanse naukowe ekonomistów w Polsce. Radziecki ekonomista zarzucił mu w sprawozdaniu dla Moskwy promowanie niepolskich pracowników, do czego tłem była trwająca wówczas w ZSRR antysemicka kampania pod hasłem . W 1956 Brus opuścił IKKN i wkrótce przeszedł na pozycje rewizjonistyczne.