Wojska koalicji opuściły Sztokholm, który już wkrótce zajął książę Karol Sudermański.
Pozbawiony silnej floty, a tym samym posiłków, król musiał wrócić do Rzeczypospolitej, nie mając ani sił ani środków na tę wojnę, którą rozpoczął na czele części wojsk 30 października 1598 roku. Wkrótce w rękach króla został tylko Kalmar (obsadzony przez silną, głównie polską załogę), ale zdobyty został 12 maja 1599 przez wojska księcia (twierdzę poddano, gdy skończyły się zapasy żywności).
W lipcu 1599 Zygmunt III Waza został zdetronizowany, za to uznano jego syna Władysława, pod warunkiem, że w ciągu 6 miesięcy 4-letni Władysław na zawsze opuści Polskę i zerwie wszelkie kontakty z rodziną oraz zostanie w Szwecji wychowany w wierze luterańskiej.
W czasie riksdagu w Linköping w 1600 Karol Sudermański został obwołany królem, od 1603 zwał siebie Karolem IX. 19 marca 1600 arystokratycznych stronników króla osądzono i skazano na śmierć, po czym wyroki wykonano.
W wyniku bitwy rozwiązana została unia polsko-szwedzka, a Szwecja stała się stronnikiem sił protestanckich w Europie, co było nie bez znaczenia w czasie wojny trzydziestoletniej.