W 1938 utworzono w dzielnicy Kudan w Tokio Kōhō Kinmu Yōin Yōseijo (Ośrodek Szkolenia Służb Tyłowych), którym kierował generał porucznik Eiichi Kinoshita. Funkcjonariusze Kempeitai zdobywali tam przygotowanie do pracy w wywiadzie. Szkolenie obejmowało szpiegostwo, posługiwanie się materiałami wybuchowymi, organizowanie dywersji, łamanie szyfrów oraz jazdę konną. Organizowano specjalne kursy maskowania, podczas których kursantów wysyłano incognito do firm, by ci składali raporty na temat ich działalności.
Struktura dowodzenia Na terytorium kontrolowanym przez którąś z armii japońskich (np. Armia Środkowych Chin lub 18 Armia) istniały kwatery główne Kempeitai, na czele których stał dowódca w stopniu generała majora (shōshō) lub pułkownika (taisa). Kwaterze podlegały jednostki polowe (2-3 na każdą armię), które składały się z dowódcy w stopniu podpułkownika (chūsa), 22 oficerów polowych (sakan) oraz 352 funkcjonariuszy innych rang. Jednostka polowa była podzielona na 65-osobowe sekcje zwane buntai, którymi dowodził dowódca w stopniu kapitana (tai'i) lub porucznika (chūi). Buntai podzielone były na wydziały (bunkentai) złożone z dowódcy w randze podporucznika (shōi) lub starszego sierżanta sztabowego (jun-shikan) oraz 20 osób personelu.