Odnowił dawne znajomości, a na sejmie warszawskim występował w obronie praw i przywilejów stanów pruskich, apelując do opinii szlacheckiej, by nie godzono się z suwerennymi rządami Hohenzollernów w Prusach Książęcych.
Elektor objął majątki Kalksteina sekwestrem i domagał się od Michała Korybuta Wiśniowieckiego wydania go jako przestępcy, lecz król odmówił. Ludzie elektora przy pomocy rezydenta Hohenzollerna w Warszawie, Brandta, porwali Kalksteina 28 listopada 1670 r. Przewieziony został do Kłajpedy i uwięziony w lochu miejscowego zamku. Przykuty został tam w kajdankach do specjalnego pnia kaźni (niem. Pfefferstube). Kalkstein był przesłuchiwany i torturowany według instrukcji opracowanej przez elektora. W czasie przesłuchań zachowywał się mężnie i nie wydał członków opozycji antyelektorskiej. Krystian Ludwik Kalkstein został ścięty 8 listopada 1672.
Przed śmiercią Kalkstein pisał do swej żony: Sercem ukochana żono!