Kolejna większa reforma miała miejsce znów za sprawą Ministerstwa Infrastruktury, gdy od 1 grudnia 2008 pod szyld PKP Intercity trafiły wszystkie pociągi pospieszne. Przez rok w ofercie spółki równolegle występowały one wraz z TLK-ami, jednak już od listopada 2009 PKP Intercity zaczęła wdrażać program porządkowania oferty. Pozostawiono tylko kategorie TLK oraz EIC, całkowicie likwidując tym samym pociągi pospieszne oraz dotychczasowe ekspresy. W dotychczasowych TLK-ach zniesiono całkowitą rezerwację miejsc, a wprowadzono we wszystkich pociągach fakultatywną rezerwację tylko w wagonach 1 klasy. Dla pasażerów udostępniono nowe oferty cenowe i zlikwidowano część dotychczasowych. Działania te uznane zostały za ukrytą podwyżkę – pasażer za tę samą cenę otrzymywał mniej usług.
1 stycznia 2011 została zmieniona nazwa marki z dotychczasowych Tanich Linii Kolejowych na Twoje Linie Kolejowe. Z czasem zrezygnowano też z systemu rezerwacji fakultatywnej na rzecz obowiązkowej (także w klasie 2), stopniowo zwiększając liczbę pociągów nią objętych.