Religia thumb|Centralny Kościół Baptystów w St. Louis Struktura religijna w 2014 roku: protestanci – 58%: ewangelikalni – 36% (gł. baptyści, zielonoświątkowcy, bezdenominacyjni, luteranie i campbellici)W nawiasie zaznaczono grupy mające ponad 100 tys. członków., głównego nurtu – 16% (gł. metodyści i baptyści), historyczni czarni protestanci – 6%, bez religii – 20% (w tym: 3% agnostycy i 2% ateiści), katolicy – 16%, mormoni – 1,5%, inne religie – 4,5% (w tym: żydzi, świadkowie Jehowy, muzułmanie, scjentyści, hinduiści, buddyści, New Age, prawosławni, unitarianie uniwersaliści, bahaiści, irwingianie i sikhowie).
Największe stężenie protestantów ewangelikalnych występuje na południu, wokół takich miast, jak: Springfield, Cape Girardeau czy Joplin. Hrabstwo Christian posiada najwyższy odsetek zielonoświątkowców w Stanach Zjednoczonych.
Kościół katolicki pozostaje szczególnie silny na obszarach St. Louis i Kansas City. Gminy żydowskie mają dobrze prosperujące społeczności w większych miastach, a w górach Ozark i kilku innych miejscach znajdują się małe kolonie amiszów. W zachodniej części stanu, jest historyczny „Kraj Mormonów”.