Inne, konkurencyjne liniowe techniki zapisu struktury związków chemicznych to Wiswesser Line Notation (WLN), ROSDAL i SLN (Tripos Inc). Na początku XXI wieku IUPAC wprowadziła swój własny standard liniowego zapisu struktur chemicznych o nazwie InChI, który jest bardziej uniwersalny od SMILES, ale trudniejszy do stosowania bezpośrednio przez ludzi i mniej intuicyjny. Istnieje także, zgodny ze standardem XML język znaczników do zapisu struktury związków chemicznych i przebiegu reakcji o nazwie Chemical Markup Language (CML), który w odróżnieniu od SMILES jest dostępny na wolnej licencji.
Kanoniczny SMILES i Izomeryczny SMILES Termin kanoniczny SMILES odnosi się do wersji SMILES, którego reguły gwarantują, że każdemu związkowi chemicznemu można przypisać jednoznaczny i unikatowy zapis. Kanoniczny SMILES jest stosowany do indeksowania związków chemicznych w bazach danych.
Termin Izomeryczny SMILES odnosi się do wersji SMILES, która umożliwia zapis izotopów oraz izomerów optycznych. Izomeryczny SMILES pozwala zatem na rozróżnienie w zapisie dwóch enancjomerów oraz związków znakowanych izotopowo.