Obie wersje SMILES są funkcjonalnie zbliżone do zwykłych wzorów strukturalnych – nie można w nim jednak zapisywać konformacji cząsteczek, czy ich rzeczywistej struktury przestrzennej uwzględniającej długości i kąty wiązań. Nie jest też do końca rozwiązany problem zapisu wiązań wodorowych i wiązań koordynacyjnych.
SMILES został zaprojektowany głównie do przedstawiania związków organicznych, ale umożliwia też przedstawianie większości związków nieorganicznych. Nie można jednak za jego pomocą przedstawić wielu związków metaloorganicznych, kompleksowych i struktur supramolekularnych.
SMARTS SMARTS to SMILES poszerzony o definicję wieloznaczników kodujących określone grupy atomów i wiązań chemicznych. SMARTS jest użytecznym narzędziem do wyszukiwania związków chemicznych po ich uogólnionych strukturach w bazach danych. Większość programów używających SMARTS nie stosuje prostego porównywania samych zapisów SMILES ze wzorcem wyszukiwania, lecz stosuje złożone przekształcenia zapisów w matematyczne zapisy grafów i następnie wyszukuje struktury pasujące do wzorca z wykorzystaniem narzędzi porównujących bezpośrednio grafy.
Struktura zapisu thumb|350px|Tworzenie zapisu SMILES na przykładzie cyprofloksacyny