W 1909, po śmierci Wickhoffa Strzygowski został powołany na Uniwersytet Wiedeński, w uznaniu dla jego badań i w wyniku zawiłej akademickiej polityki oraz prawdopodobnie poparcia arcyksięcia Franciszka Ferdynanda. Propozycja pociągnęła za sobą trwały rozłam między wiedeńskimi historykami sztuki, którzy przeciwstawili się Strzygowskiemu, szczególnie z Maxem Dvořákiem i Juliusem von Schlosserem. Sprawa zaostrzyła się dodatkowo, kiedy założył własny instytut badawczy wewnątrz uniwersytetu (Wiener Institut, Instytut Wiedeński, lub Erstes kunsthistorisches Institut, Pierwszy Instytut Historii Sztuki).
W Wiedniu kontynuował publikowanie opracowań na najróżniejsze tematy, skupiając się na sztuce bizantyjskiej i azjatyckiej, podejmując jednocześnie kwestie ormiańskie, nordyckie, słowiańskie oraz inne. Radykalny pangermanizm Strzygowskiego ujawnił się w Die bildende Kunst der Gegenwart (1907) (Sztuka plastyczna współczesności), w której to pracy pochwalał malarstwo Arnolda Böcklina i apelował o powstanie nowego typu niemieckiego artysty-bohatera, by odrzucić spuściznę klasycznego antyku oraz renesansu. Według Strzygowskiego (Die altslavische Kunst, Augsburg 1929), polskie drewniane budownictwo jest pochodzenia euroazjatyckiego (lub północnego z obszarów germańskich), co do dziś jest dyskutowane (badania A.