Buriaci dołączyli do Ojratów, podważając tym pełnię władzy, jaką w okresie północnej dynasii Yuan stanowili w imperium mongolskim Chałchasi.
Tereny Buriacji były objęte niepodzielnym panowaniem Chanatu Mongolskiego aż do XVII w. Kiedy Rosja rozszerzała swoje terytorium na obszar Zabajkala, w 1609 kozacy napotkali tu Buriatów, płacących trybut Chałchasom. Pomimo podległości chanom mongolskim byli wystarczająco silni, aby podporządkować sobie Ketów, Samojedów znad Kanu oraz Ewenków znad dolnej Angary, którzy złożyli im hołd najpóźniej w początkach XVII w. Buriaci posługiwali się w tym okresie bliżej nieokreślonymi językami turkijsko-tunguskimi. W tym czasie następuje proces irredentyzacji ludów buriacko-mongolskich (m.in. Baladżadów, Choriatów, Chondżudorów), które zasymilowały również etnosy innego pochodzenia (Tunguzów) oraz częściowo Chałchasów i Ojratów. Choriaci rozszerzyli swoje terytoria na wschód od zajmowanej wcześniej Barguzji, sięgając koryta Argunu i łuku Wielkiego Chinganu. Około 1595 zostali oni stamtąd wyparci przez Dagurów. W 1631 Buriaci stawili pierwszy zbrojny opór przed napływem Rosjan do Syberii, atakując założony przez nich Brack. W 1643 Rosjanie dotarli do Bajkału, stopniowo wypierając Buriatów.