Po konflikcie z dyrekcją Švankmajer i jego współpracownicy związali się z Teatrem Laterna Magika.
W 1967 roku poświęcił Rudolfowi II, który był znawcą i pasjonatem alchemii i okultyzmu, a stolicę Czech zmienił w XVI wieku w europejskie centrum nauk tajemnych, film „Historia naturae”. W wielu innych animacjach dawał wyraz fascynacji twórczością nadwornego malarza cesarza-alchemika, Giuseppe Arcimbolda. Czasem, jak w słynnych „Możliwościach dialogu”, składał otwarcie hołd włoskiemu malarzowi. W innych filmach te odwołania nie były aż tak bezpośrednie.
Pod koniec lat 60. Švankmajer zaczął coraz głębiej wchodzić w surrealizm. W Pradze od lat 30. XX wieku działała silna grupa surrealistyczna zasilana przez kolejne pokolenia artystów. Należała do niej również jego żona Eva, ceniona malarka, a przy okazji współpracownica męża. Sam artysta dołączył oficjalnie do Czeskiej Grupy Surrealistycznej po rozmowie z jej głównym teoretykiem Vratislavem Effenbergerem na początku lat 70., choć animacje w surrealistycznym duchu robił już kilka lat wcześniej.