Górnik Zabrze 13 sierpnia 2007 roku Nowak podpisał pięcioipółletni kontrakt z Górnikiem Zabrze, do którego przeszedł 1 stycznia 2008 roku (po wygaśnięciu kontraktu z Ruchem Chorzów). Nowak zadebiutował w barwach nowego klubu 27 lutego 2008 roku w przegranym 0:1 meczu z Cracovią w ramach rozgrywek Pucharu Ekstraklasy, a debiut w Górniku w rozgrywkach najwyższej klasy rozgrywkowej zaliczył 3 maja 2008 roku w zremisowanym 0:0 meczu z GKS-em Bełchatów. 23 lutego 2009 roku, w wyniku odejścia Jerzego Brzęczka, został nowym kapitanem zabrzańskiego klubu. Pełnił tę funkcję do 6 lipca 2009 roku, kiedy nowym kapitanem Górnika został Adam Banaś. Łącznie w Górniku Zabrze rozegrał 76 spotkań (w tym 30 w najwyższej klasie rozgrywkowej). 1 lipca 2011 roku rozwiązał kontrakt z Górnikiem Zabrze za porozumieniem stron. Umowa miała obowiązywać jeszcze przez 2 lata.