Po zakończeniu II wojny światowej zajął się organizowaniem sierocińców dla japońskich dzieci. 6 stycznia 1946 wraz z o. Mieczysławem Mirochną założył sierociniec dla bezdomnych chłopców, ofiar II wojny światowej (początkowo w budynku seminaryjnego internatu w Urakami). Kolejne sierocińce powstawały w Kogakura, gdzie wynajął kilka baraków po robotnikach byłych fabryk Mitsubishi i w Ōmura (sieroty zamieszkały przejściowo w byłych koszarach marynarki wojennej, dzieci kształciły się w warsztatach: mechanicznym, szewskim, krawieckim i ogrodniczym). W Konogai, 25 km od miejscowości Isahaya, w sierpniu 1948 powołano szkołę powszechną i gimnazjum. Brat Zenon organizował dla podopiecznych wycieczki, loty samolotem, pływanie statkiem lub okrętem i zawody sportowe, budował place zabaw z huśtawkami. Do Konogai przybył 18 kwietnia 1946 młodszy brat cesarza książę Takamatsu Miyadenka (według ks. Wacława Nowackiego w 1947), a w 1949 cesarz Hirohito.