W 1977 powstał film Zenon-Niebo-Maryja, a w 1999 film animowany Zeno Kagiri Naki Ai ni. W 2019 Marta Sokołowska wyreżyserowała film dokumentalny Zeno-San. Powstał też musical o bracie Zenonie pt. Wszyscy ludzie są równi. Telewizja Niepokalanów wyprodukowała film dokumentalny Niespokojna dusza w reżyserii Doroty Górskiej.
W 2002 został wspomniany w przemówieniu cesarza Akihito, który odwiedził Polskę pierwszy raz w historii stosunków polsko-japońskich i znał brata Zeno. Pamiątki z tej wizyty można oglądać w otwartym w 2002 w Czarni Muzeum im. Brata Zenona Żebrowskiego. Przed kościołem w Czarni stoi pomnik wystawiony w 1998 przedstawiający zakonnika z japońskim chłopcem i dziewczynką w kurpiowskim stroju. Pod pomnikiem jest napis Miłość bez granic. Zakonnik jest upamiętniony też w Muzeum św. Maksymiliana w Niepokalanowie.
Zenon Żebrowski jest patronem szkół podstawowych w Wykrocie (od 2002) i Surowem. Patronuje ulicy w Ostrołęce oraz Specjalnemu Ośrodkowi Szkolno-Wychowawczemu w Czarni.