W chwili odzyskania niepodległości rozpoczął starania o powstanie Uniwersytetu Poznańskiego. Na XX posiedzeniu Komisji Uniwersyteckiej w dniu 5 kwietnia 1919 nastąpił wybór Święcickiego na pierwszego Rektora Uniwersytetu Poznańskiego. Na tym samym zebraniu, na wniosek prof. M. Sobeskiego, nastąpiło również mianowanie Święcickiego na profesora zwyczajnego Wydziału Lekarskiego UP. Był on aż sześciokrotnie wybierany na rektora tzw. Wszechnicy Piastowskiej, która w 1920 przyjęła nazwę Uniwersytetu Poznańskiego, i funkcję tę pełnił aż do swojej śmierci (w 1921 powołał jeszcze fundację „Nauka i Praca” mającą na celu wspieranie polskich uczonych i młodzieży z terenu całego krajuSprawozdanie Kuratora Fundacji „Nauka i Praca” imienia Rektora Heliodora Święcickiego za czas od 4 października 1923 do 30 czerwca 1938, Fundacja „Nauka i Praca”, Poznań, 1946.).
Był przewodniczącym Komitetu Obrony Narodowej Województwa Poznańskiego w Poznaniu w 1920Obrona państwa w 1920 roku, Warszawa 1923, s. 566..
Śmierć Zmarł w piątek 12 października 1923 w Poznaniu.