Końcowe lata kariery piłkarskiej Od czerwca do stycznia 1999 Savićević pozostawał bez przynależności klubowej i wówczas zdecydował się wrócić do Crvenej zvezdy. Powrót do Belgradu okazał się jednak niewypałem i Savićević rozegrał tylko 3 mecze ligowe, a Crvena zvezda w lidze uległa Partizanowi Belgrad i Obiliciowi Belgrad zajmując dopiero 3. miejsce w lidze, co uważane jest tam za porażkę. Po sezonie Dejan Savićević odszedł do austriackiego Rapidu Wiedeń. W Rapidzie po części odbudował swoją formę i w sezonie 1999/2000 zdołał zdobyć 11 bramek w Bundeslidze w 22 meczach. Rapid zajął wówczas 3. miejsce w lidze. Sezon 2000/2001 był ostatnim w karierze Savićevicia. W Rapidzie zagrał 22 mecze, strzelił 7 goli i wywalczył wicemistrzostwo kraju, a w maju 2001 na skutek kolejnej kontuzji zdecydował się zakończyć swoją piłkarską, pełną sukcesów karierę.
Kariera klubowa w liczbach Sezon Klub Kraj Rozgrywki Mecze Bramki 1982/1983 Budućnost Titograd Prva liga 2 0 1983/1984 7 1 1984/1985 29 6 1985/1986 32 10 1986/1987 31 9 1987/1988 29 10 1988/1989 FK Crvena zvezda 0 0 1989/1990 25 10 1990/1991 25 8 1991/1992 22 5 1992/1993 A.C.