Prehistoryczne hipopotamy karłowate i lilipucie Kilka gatunków hipopotamowatych wymarło w obrębie Morza Śródziemnego od późnego plejstocenu do wczesnego holocenu. Jednak gatunki te, znane czasami jako „hipopotamy lilipucie”, nie uważa się za blisko spokrewnione z C. liberiensis. Zaliczają się do nich hipopotam kreteński (Hippopotamus creutzburgi) z Krety, hipopotam sycylijski (Hippopotamus pentlandi) z Sycylii, oraz hipopotam maltański (Hippopotamus melitensis) z Malty.
Gatunki te, mimo iż porównywalne rozmiarem z hipopotamkiem karłowatym, zostały uznane jako hipopotamy lilipucie, nie zaś karłowate. Pochodzą one prawdopodobnie od pełnorozmiarowego gatunku hipopotama europejskiego i osiągnęły swój niewielki wzrost w procesie ewolucyjnym karłowacenia wyspowego, które jest powszechne na wyspach. Przodkowie hipopotamka karłowatego byli zawsze mali, toteż w jego przypadku nie przebiegało karłowacenie wyspowe.