W powołanym przez Tymczasową Komisję Rządzącą w styczniu 1943 na Ogólnopolskim Zjeździe SN, opozycyjnym do SN „Kwadrat”, Wojennym Zarządzie Głównym SN objął funkcję wiceprezesa. Od 8 maja 1943 do kwietnia 1944 kierował Wydziałem Konsolidacji Obozu Narodowego i wchodził w skład Prezydium Tymczasowej Narodowej Rady Politycznej (polityczne kierownictwo NSZ). Sprzeciwiając się włączeniu NSZ do AK, został komendantem powołanej 2 lutego 1944 samodzielnej Armii Narodowej. W kwietniu 1944 powierzono mu funkcję wiceprezesa Zarządu Głównego SN „Kwadrat”.

Działalność powojenna Po wkroczeniu armii sowieckiej do Polski podjął w lutym 1945 próbę legalizacji SN. W marcu 1945 wystosował do Rządu Tymczasowego „Memoriał w sprawie utworzenia Stronnictwa Narodowego”, a w lipcu razem z Szymonem Poradowskim i Władysławem Jaworskim utworzył Komitet Legalizacyjny SN, który 23 sierpnia 1945 złożył „Memoriał...” w kancelarii prezydenta Krajowej Rady Narodowej Bolesława Bieruta. Wobec braku odpowiedzi, Komitet zebrał się ponownie pod koniec września i przygotował interwencję do Premiera Rządu Tymczasowego Edwarda Osóbki-Morawskiego. Stojanowski pełnił rolę łącznika Komitetu z tajnym Prezydium Zarządu Głównego SN.