Był inwigilowany przez Urząd Bezpieczeństwa.
Myśl polityczna Stojanowski widząc potęgę niemiecką, której Polska sama nie podoła w razie konfliktu (uważał go za nieunikniony), nawoływał do łączności słowiańskiej narodów również zagrożonych. Był rzecznikiem odbudowania Słowiańszczyzny Zachodniej (Łużyce). Nie tylko na polu naukowym, ale również politycznym utrzymywał kontakt z Łużyczanami, jeździł do Czech już po rozbiorze, ale przed aneksją, z początkiem 1939. Udało mu się dotrzeć na Mazury pruskie, by mieć tam odczyty i prowadzić badania. Był jednym z pierwszych polskich polityków postulujących granicę zachodnią odrodzonej Polski na Odrze i Nysie Łużyckiej.
W 1942 pod pseudonimem L. Podolski opublikował pracę Ziemie Zachodnie a państwo narodowe, w której proponował oparcie "narodowego przewrotu polskiego" nie na konkretnej warstwie czy klasie społecznej, co było doświadczeniem innych przewrotów politycznych, tylko na regionalnym społeczeństwie (przedwojennych) Ziem Zachodnich, a więc Wielkopolanach, Pomorzanach i Ślązakach.