Na zakończenie zwyciężyła w slalomie, notując najlepszy czas pierwszego i drugi czas drugiego przejazdu.
Kolejna kontuzja kolana oraz problemy z tarczycą wykluczyły ją ze startów w sezonie 2003/2004Former Champion Janica Kostelic Faces Another Fightback . Do czynnego uprawiania sportu wróciła w październiku 2004 roku. Już 26 listopada w Aspen po raz kolejny stanęła na podium, zajmując trzecie miejsce w gigancie. W kolejnych startach w czołowej trójce znalazła się jeszcze osiem razy, w tym 27 listopada w Aspen wygrała slalom, a 27 lutego 2005 roku w San Sicario była najlepsza w kombinacji. Wyniki te dały jej drugie miejsce w klasyfikacji generalnej sezonu 2004/2005, zaledwie 3 punkty za Szwedką Anją Pärson. Drugie miejsce zajęła także w klasyfikacji slalomu, w której uległa Fince Tanji Poutiainen, w kombinacji była najlepsza, a w klasyfikacji zjazdu zajęła czwartą pozycję. Podczas mistrzostw świata w Bormio w lutym 2005 roku Kostelić zdobyła trzy złote medale: w slalomie, kombinacji i zjeździe, tym samym broniąc tytuły w dwóch pierwszych konkurencjach.