Najlepsze wyniki osiągnęła w sezonie 2005/2006, kiedy zdobyła swoją trzecią Kryształową Kulę. Wynikiem 1970 pkt ustanowiła rekord punktów zdobytych w ciągu jednego sezonu, pobity sześć lat później przez Lindsey Vonn z USACNN.com: Kostelic sets new World Cup record . Na podium stanęła 17 razy, odnosząc przy tym dziewięć zwycięstw: 21 grudnia w Špindlerův Mlýnie (gigant), 14 i 15 stycznia w Bad Kleinkirchheim (zjazd i supergigant), 22 stycznia w Sankt Moritz (superkombinacja), 5 lutego w Ofterschwang (slalom), 4 marca w Hafjell (superkombinacja), 10 marca w Levi (slalom) oraz 17 i 18 marca w Åre (slalom i gigant). Wygrała klasyfikacje slalomu i kombinacji, w gigancie była trzecia, w zjeździe czwarta, a w supergigancie piąta. W lutym 2006 roku brała udział w igrzyskach olimpijskich w Turynie, zdobywając kolejne dwa medale. Najpierw wzięła udział w kombinacji, po slalomie zajmując drugie miejsce ze stratą 0,26 sekundy do Austriaczki Marlies Schild. W zjeździe do kombinacji była najlepsza, uzyskując dzięki temu najlepszy łączny czas. Ostatecznie o 0,50 sekundy wyprzedziła Schild, a o 0,55 sekundy pokonała Anję Pärson. Dwa dni później wywalczyła srebrny medal w supergigancie, rozdzielając Austriaczki: Michaelę Dorfmeister i Alexandrę Meissnitzer.