Działalność opozycyjna wobec reżimu Po przewrocie z 28 maja 1926 roku, PCP została zakazana i została zmuszona do działania w tajemnicy. Zbiegiem okoliczności, zamach stanu odbył się w przededniu II Zjazdu, który doprowadził do jego zawieszenia. Partia została zreorganizowana w 1929 roku przez Antonio Bento Gonçalvesa. Jednak w 1938 roku, PCP została wydalona z Kominternu. Wydalenie było uzasadnione gwałtownym spadkiem działalności partii, po żarliwym początku w 1920 roku.
Skarga na PCP, podpisana przez Georgi Dymitrowa, została podjęta częściowo z powodu prześladowań organizacji takich jak Komunistycznej Partii Polski, czy działaczy jak na przykład Béla Kun, przez dążącego do dyktatury Józefa Stalina. Te wydarzenia, między innymi, doprowadziły do rozpadu Kominternu w 1943 roku. PCP przywróciło stosunki z ruchem komunistycznym i ZSRR w 1947, po sporadycznych kontaktach z partiami komunistycznymi Hiszpanii (PCE) i Francji.