Po dojściu do władzy dyktatorskiej reżimu Salazara, wielu działaczy aresztowano, torturowano i zamordowano. Wielu trafiło do obozu koncentracyjnego Tarrafal, w tym Bento Goncalves, który ostatecznie tam zmarł. Ta ogromna fala aresztowań doprowadziła do znacznej reorganizacji w latach 1940–41. Zjazd po tych zmianach miały miejsce w 1943 i zdecydowano, że Partia Komunistyczna powinna zjednoczyć wszystkich, którzy chcieli przezwyciężyć juntę. Kolejną ważną decyzją była potrzeba zwiększenia wpływów partii w armii portugalskiej. Partia Komunistyczna po raz pierwszy utworzyła silną organizację podziemną zdolną walczyć z reżimem Salazara.
W 1945 roku wraz z upadkiem wielkich reżimów faszystowskich w II wojnie światowej, Salazar był zmuszony symulować pewne demokratyczne zmiany, aby utrzymać dobry wizerunek na zachodzie. Tak więc powstała legalna partia opozycyjna Ruch Jedności Demokratycznej. Początkowo była kontrolowana przez umiarkowaną opozycję, ale wkrótce znalazła się pod wpływem PCP. Ostatecznie, Ruch Jedności Demokratycznej została zakazana przez rząd w 1948 roku, po kilku falach represji.