W roku 1939 August Zaleski, minister spraw zagranicznych w rządzie RP na uchodźstwie (gabinet Władysława Sikorskiego), usiłował zwolnić go ze stanowiska. Jednak dzięki zdecydowanie przychylnej dla Sokolnickiego postawie rządu tureckiego i osobistemu poparciu Şükrü Saracoğlu, ministra spraw zagranicznych Turcji, odwołanie zostało cofnięte. W okresie II wojny ze strony rządu na uchodźstwie kilkukrotnie jeszcze dochodziło do prób usunięcia Sokolnickiego ze stanowiska w Ankarze, jednak za każdym razem spotykały się one z wyraźnym sprzeciwem strony tureckiej, która nie zgadzała się na agrément dla jakiegokolwiek innego kandydata. Niechęć rządu londyńskiego do osoby Sokolnickiego była wynikiem zarówno ogólnego braku zaufania dla dawnych przedstawicieli obozu „piłsudczyków”, jak i osobistych animozji między ambasadorem w Turcji a ministrem Zaleskim. W owym czasie Sokolnicki utrzymywał bliskie stosunki z przebywającym w Turcji delegatem apostolskim abp Roncalim, późniejszym papieżem.
Po wycofaniu uznania dyplomatycznego Turcji dla rządu RP na uchodźstwie opuścił placówkę pod koniec sierpnia 1945, a z początkiem września budynek ambasady przejęli urzędnicy wyznaczeni przez Tymczasowy Rząd Jedności Narodowej. Następca Sokolnickiego, Romuald Buczyński uzyskał agrément jako chargé d’ affaires w styczniu 1946. Po 1945 Sokolnicki pozostał w Turcji.
Późna działalność (1945-1967)