Kodeks miał zostać znaleziony w drewnianej skrzynce odkrytej w suchej jaskini na wzgórzach Chiapas, w pobliżu stanowiska archeologicznego ; wraz z nim na tym samym stanowisku miano odnaleźć również turkusową maskę, obecnie znajdującą się w kolekcji Dumbarton Oaks. W 1965 roku meksykański kolekcjoner Josué Sáenz został zabrany samolotem turystycznym na odległy pas startowy zlokalizowany gdzieś u podnóży gór Sierra Madre de Chiapas, w rejonie Tortuguero w stanie Tabasco. Busola samolotu przykryta została tkaniną, jednak Sáenz domyślił się przybliżonej lokalizacji na podstawie topografii okolicy. Na lotnisku dwóch mężczyzn okazało mu kodeks oraz kilka innych artefaktów zrabowanych z nieznanych stanowisk oraz zapewniło go, że przed zakupem będzie mógł zabrać przedmioty do Meksyku w celu weryfikacji ich autentyczności. Sáenz skonsultował się z ekspertem, który orzekł, że znaleziska są falsyfikatami, jednak ten i tak je zakupił, a w 1971 roku zezwolił Michaelowi D. Coe na prezentację kodeksu w Grolier Club. W pięć lat później prokurator generalny Meksyku, powołując się na układ o znaleziskach archeologicznych zawarty między Stanami Zjednoczonymi a Meksykiem w roku 1970, doprowadził do konfiskaty kodeksu i przewiezienia go na powrót do Meksyku. Sáenz oficjalnie podarował kodeks rządowi tego państwa.