Wyprzedził wtedy bezpośrednio Szwajcara Silvana Zurbriggena oraz Włocha Giorgio Roccę.
Przez kolejne cztery sezony Kostelić nie plasował się w czołowej dziesiątce klasyfikacji końcowej. W tym czasie łącznie sześć razy stawał na podium, w tym 15 grudnia 2003 roku w Madonna di Campiglio wygrał slalom, a 10 grudnia 2006 roku w Reiteralm był najlepszy w superkombinacji. Najlepiej wypadł w sezonie 2006/2007, kiedy w klasyfikacji generalnej zajął 25. miejsce, a w klasyfikacji kombinacji był trzeci za Norwegiem Akselem Lundem Svindalem i Szwajcarem Markiem Berthodem. Z mistrzostw świata w Bormio w 2005 roku oraz rozgrywanych dwa lata później mistrzostw świata w Åre wrócił bez medalu, zajął za to drugie miejsce w kombinacji na igrzyskach olimpijskich w Turynie. Rozdzielił tam na podium Teda Ligety’ego z USA oraz Austriaka Rainera Schönfeldera. Na tych samych igrzyskach był też szósty w slalomie, a w supergigancie zajął 31. miejsce. W sezonie 2007/2008 sześciokrotnie stawał na podium, jednak nie odniósł zwycięstwa. W klasyfikacji generalnej był piąty, w klasyfikacji slalomu szósty, a w kombinacji drugi, ulegając tylko Bode Millerowi z USA.