Liczba ZATO ulega zmniejszeniu, jednak od 30 października 2001, pomimo nieposiadania takiego statusu, zostały dla obcokrajowców (z wyjątkiem obywateli Białorusi) zamknięte miasta: Norylsk, Dudinka, Igarka, Tałnach i Kajerkan. Część ZATO jest otwarta na inwestycje zagraniczne przy ruchu obcokrajowców tylko za pozwoleniem – dotyczy to sfery atomistyki i miast zrzeszonych w ramach amerykańsko-rosyjskiej inicjatywy NCI (Nuclear Cities Initiative).
Specjalny status miast zamkniętych mają tzw. naukogrady (Наукоград), podlegające prezydentowi Federacji Rosyjskiej.
Wykaz ZATO mały|Siedziba zakładu atomowego Majak w Oziorsku. mały|Muzeum broni w Sarowie. mały|Hala kontroli reaktora EI-2 w Siewiersku. mały|Podziemne centrum energetyczne Kombinatu Górniczo-Chemicznego w Żeleznogorsku. 2002 rok. mały|Okręty Floty Północnej w bazie wojskowej w Siewieromorsku. mały|Baza w Siewieromorsku. mały|Góra Jamantau przy mieście zamkniętym Mieżgorje. Na podstawie dekretu rządu Federacji Rosyjskiej z dnia 29 sierpnia 2019 roku na terenie Rosji znajduje się 38 miast, ośrodków lub osiedli typu miejskiego o statusie ZATO.
Rosyjskie miasta zamknięte można podzielić z uwagi na przeznaczenie oraz podmiot sprawujący władzę nad ZATO. Niezależnie od bezpośredniej podległości ostateczny nadzór leży w gestii Ministerstwa Obrony.