W czasach ZSRR większość ZATO znajdowała się w obwodzie moskiewskim, na Uralu oraz w dzisiejszym Kraju Krasnojarskim. Wiele z nich lokalizowano na terenach leśnych, słabo zaludnionych lub w pobliżu naturalnych źródeł niezbędnych surowców.
O istnieniu ZATO władze Rosji poinformowały w 1991 roku. Rok później prezydent Borys Jelcyn podjął decyzję o odtajnieniu lokalizacji miast zamkniętych. Wówczas zaczęto używać standardowych nazw, zamiast kryptonimów. W 1992 roku na terenie Rosji znajdowało się 47 ZATO, z czego 37 pod jurysdykcją Ministerstwa Obrony, a pozostałe były związane z atomistyką.
Po zakończeniu zimnej wojny spadło zapotrzebowanie na projekty realizowane w wielu ZATO. Zamykano fabryki i zakłady. Przed 1992 rokiem w miastach zamkniętych praktycznie nie występowało bezrobocie, w 1995 roku bezrobotni stanowili 20% mieszkańców. W latach dziewięćdziesiątych 28% specjalistów z ZATO (większość mieszkańców miała wyższe wykształcenie) rozważało wyjazd za granicę. Problem został rozwiązany w kolejnych latach poprzez przekształcenie zakładów lub zlikwidowanie statusu ZATO.