Zmarł w Chicago, w swoim samochodzie, w niejasnych okolicznościach. Nie znaleziono żadnych oficjalnych dokumentów związanych z jego śmiercią. Najbardziej przekonywającą wersję przedstawili: Arthur Laibly, który zastąpił Williamsa jako producent Jeffersona i sam Williams. W grudniu, w czasie ostrej chicagowskiej zimy Jefferson miał atak serca w samochodzie. Przerażony kierowca uciekł z samochodu porzucając Jeffersona, który zamarzł.
Jego ciało zostało przewiezione pociągiem do Teksasu. Na cmentarz przyszło kilkaset osób, zarówno czarnych, jak i białych.
Sesje nagraniowe (kompletne) Jako Deacon L.J. Bates. Chicago. Grudzień 1925-styczeń 1926 I Want to Be Like Jesus in My Heart All I Want Is That Pure Religion Jako Blind Lemon Jefferson. Chicago. Marzec 1926 Got the Blues Long Lonesome Blues Booster Blues Dry Southern Blues Chicago. Kwiecień 1926 Black Horse Blues Corinna Blues Chicago. Maj 1926 Got the Blues Long Lonesome Blues Chicago. May 1926 Jack O’Diamond Blues Jack O’Diamond Blues Chock House Blues Chicago. Sierpień 1926 Beggin Back Old Rounders Blues Chicago. Listopad 1926 Stocking Feet Blues That Black Snake Moan Wartime Blues Broke and Hungry Shuckin' Sugar Blues Chicago. Grudzień 1926 Booker Rooger Blues Rabbit Foot Blues Bad Luck Blues Atlanta.