Po morderstwie Songa, Yuan przystąpił do rozprawy ze zwycięskim Kuomintangiem. Najpierw 27 kwietnia 1913, wbrew konstytucyjnym procedurom, z pominięciem zgody parlamentu, zaciągnął od mocarstw rozłożoną na 47 lat pożyczkę w wysokości 25 milionów funtów, a następnie przystąpił do dymisjonowania kuomintangowskich gubernatorów prowincji. Sześć południowych prowincji wystąpiło przeciwko Yuanowi, rozpoczynając zbrojny opór nazywany „drugą rewolucją”. Siły Kuomintangu były jednak nieliczne i słabo uzbrojone, nie spotkały się także z poparciem społecznym i niezdolne do rzeczywistego oporu, ostatecznie poniosły klęskę wraz z upadkiem Nankinu 2 września 1913. Sun Jat-sen uciekł do Japonii.
6 października 1913 Yuan zmusił zastraszony parlament do ponownego wyboru prezydenta. Na jego polecenie deputowanych zamknięto w sali posiedzeń, pozbawiając również posiłków. Mimo podjętych przezeń środków nacisku jego kandydatura uzyskała wymaganą większość 75% dopiero w trzecim głosowaniu. 4 listopada ostatecznie zdelegalizował Kuomintang i usunął jego posłów z parlamentu. 10 stycznia 1914 rozwiązał, pozbawiony już realnej władzy, parlament oraz zgromadzenia prowincjonalne.