Uruchomienie w małym oknie przeszukiwania wymaga precyzyjniejszego określenia pozycji celu przed wystrzeleniem pocisku, jednakże pocisk jest dzięki temu bardziej odporny na działania zakłócające stosowane przez przeciwnika za pomocą środków ECM (Electronic Countermeasures). Harpoon umożliwia także odpalenie w trybie Bearing Only Launch (BOL) z orientacyjnie jedynie ustaloną pozycja celu, w którym pocisk odpalony zostaje na nieprecyzyjny namiar celu, a aktywny radar układu naprowadzania uruchomiony zostaje już na wczesnym etapie trajektorii lotu pocisku skanując przestrzeń w szerokim sektorze przeszukiwania do 45° z każdej strony względem kursu pocisku. W razie nieodnalezienia celu w określonym czasie od wystrzelenia, pocisk przełącza się w tryb poszukiwania stosując w tym zakresie zaprogramowane wzory poszukiwania, a w razie dalszego niepowodzenia, pocisk ulega samozniszczeniu. Niezależnie od trybu wystrzelenia pocisku, po odnalezieniu celu oraz zablokowania się na nim radaru poszukującego, przed trafieniem pocisk w wersji Block 1A wznosi się gwałtownie na wysokość do 1800 metrów nad celem wykonując manewr pop-up, po czym nurkuje w kierunku celu pod kątem około 30°.