Pawłokoma w czasie okupacji niemieckiej 1941–1944 Wojska radzieckie wycofały się ze wsi w czerwcu 1941 z powodu ataku hitlerowskiego na ZSRR. Powrót Niemców umożliwił swobodne działanie ukraińskim nacjonalistom, m.in. do Pawłokomy wrócił Mikołaj Lewicki (poprzednie dwa lata przeżył w Dynowie) i ponownie zaczął organizować młodzież ukraińską wokół haseł antypolskich. Ukraińcy byli również faworyzowani w dostępie do urzędów oraz prowadzeniu działalności oświatowej, kulturalnej i sportowej. Do wsi przyjeżdżali aktywiści OUN, grupa co najmniej 10 młodych mężczyzn z Pawłokomy wstąpiła ochotniczo do SS „Galizien”. Ludność polska winiła ponadto Ukraińców za wywiezienie do Auschwitz-Birkenau 3 Polaków i 1 Ukrainki (o nastawieniu propolskim) oraz za zastrzelenie Józefa Michalika, prawdopodobnie członka Armii Krajowej. Zarzuty o spowodowaniu aresztowania wymienionych wyżej osób nie miały żadnego potwierdzenia dowodowego.
Na terenie Pawłokomy i okolic dochodziło do starć między nacjonalistycznymi organizacjami ukraińskimi a polskim podziemiem, które zaczęło się tworzyć w regionie około jesieni 1940. Polacy zniszczyli m.in.