18 sierpnia 1926 Młodzianowski przedstawił projekt „Wytycznych w sprawie stosunku władz rządowych do mniejszości narodowych”. Proponował przeprowadzenie reformy rolnej z uwzględnieniem interesów ludności białoruskiej i ukraińskiej, umożliwienie rozwoju oświaty w językach narodowych tych mniejszości, szybkie unormowanie stanu prawnego Kościoła prawosławnego.
20 września 1926 Klub Chrześcijańskiej Demokracji złożył w sejmie wniosek o wyrażenie wotum nieufności wobec ministra spraw wewnętrznych Kazimierza Młodzianowskiego oraz ministra wyznań religijnych i oświecenia publicznego Antoniego Sujkowskiego. Oba wnioski zostały przyjęte przez sejm 24 września. Rząd Kazimierza Bartla podał się do dymisji. 27 września Młodzianowski został powołany na ministra spraw wewnętrznych w trzecim rządzie Kazimierza Bartla. Rząd ten pracował do 30 września, ponieważ nie uzyskał akceptacji sejmu dla przedstawionego prowizorium budżetowego.
18 października 1926 objął urząd wojewody pomorskiego i pracował na tym stanowisku do śmierci.